En Afrique du Sud, des chercheurs remontent la piste du coronavirus

Vue du SARS-CoV-2 au microscope. 
L’Afrique apporte sa pierre à la science (3). Dans une étude saluée par la revue « Science », le
laboratoire Krisp établit avec une rare finesse la chaîne de contamination dans un hôpital de Durban.
C’est la deuxième fois en trois mois que l’équipe du professeur Tulio de Oliveira est mentionnée dans l’une des publications scientifiques les plus respectées au monde. En février, le magazine Nature a salué la rapidité avec laquelle ce bio-informaticien de Durban, qui chasse les virus depuis vingt ans, a mis au point un outil permettant de comparer les génomes du SARS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19. Fin mai, rebelote. Un article élogieux de la revue Science consacré à la dernière étude menée par son jeune laboratoire fait crasher son site Web. Certes, la Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (Krisp) a pris l’habitude de « boxer au-dessus de sa catégorie », explique son directeur. Mais pas au point, toutefois, de gérer plus de 100 000 connexions en quarante-huit heures.

Créée en 2017 avec l’ambition de « faire bouger les choses, inverser la fuite des cerveaux et former la prochaine génération de scientifiques africains », Krisp compte déjà quelque 200 publications scientifiques, dont une vingtaine dans les trois revues les plus prestigieuses du monde de la recherche. Un exploit pour une équipe de 20 personnes, installée en Afrique de surcroît. Mais si les publications restent le baromètre qui fait loi dans le milieu, elles sont loin d’être la principale préoccupation du directeur. « Un vrai scientifique ne travaille pas pour être publié, le but est d’avoir un impact », dit-il avec conviction. Or en matière de Covid-19, Krisp a permis à l’Afrique du Sud de remonter la chaîne de contamination avec une finesse remarquée.

Du HIV à la fièvre jaune

Tout commence le 9 mars. A 19 h 32, ce jour-là, une dame de 81 ans est transférée de sa maison de retraite à l’hôpital privé St Augustine de Durban. Son langage est brouillé, une partie de son corps ne répond plus. L’équipe médicale l’installe aux urgences, le temps de diagnostiquer un léger AVC. Dans la pièce qui fait face à son lit, un homme de 38 ans tousse. De retour d’Europe, il a répondu à un questionnaire à l’extérieur de l’hôpital, avant d’être placé à l’isolement. Le premier patient positif au Covid-19 a été détecté quatre jours plus tôt dans le pays. L’hôpital St Augustine a déjà renforcé ses protocoles sanitaires.
L’homme sort des urgences quand l’octogénaire est transférée en soins intensifs. Hospitalisée pendant une semaine, elle est de nouveau admise six jours après sa sortie. Cette fois, la vieille dame, qui n’arrive plus à respirer, est intubée et placée sous ventilateur. Elle est positive au Covid-19. Entre-temps, un patient ayant séjourné dans la même unité qu’elle au cours de sa première hospitalisation, ainsi qu’une infirmière chargée de ses soins, ont eux aussi développé des symptômes. Quand elle décède, le 2 avril, tout le monde ignore encore qu’elle est la première à avoir contracté et transmis le virus à l’hôpital.

Deux jours plus tard, le professeur Tulio de Oliveira et le docteur Richard Lessells, spécialiste des maladies infectieuses, reçoivent un coup de fil de l’épidémiologiste le plus en vue du pays. A la tête du comité scientifique chargé d’épauler le gouvernement dans la gestion de la pandémie, le professeur Salim Abdool Karim leur demande d’enquêter sur les treize contaminations déjà recensées à l’hôpital. Ce n’est que le début : entre le 9 mars et le 30 avril, 119 personnes (39 patients et 80 employés) sont testées positives au Covid-19 à St Augustine. Quinze d’entre elles ont perdu la vie.
Complétée par un autre spécialiste des maladies infectieuses, le professeur Yunus Moosa, l’équipe a rendu ses conclusions mi-mai. Sa radiographie de la contamination au sein de l’hôpital St Augustine est « la plus détaillée » du genre à ce jour, d’après le magazine Science. Salim Abdool Karim confirme : « Leur rapport est d’une profondeur que je ne vois pas souvent dans ce type de travail. Nous l’avons présenté à 51 des meilleurs scientifiques du pays, personne n’a rien trouvé à redire. »
« Nous avons eu de la chance, car nous étions au début de l’épidémie en Afrique du Sud. En Europe ou aux Etats-Unis, les hôpitaux voyaient arriver des patients positifs tous les jours. Un tel flot rend impossible l’analyse des chaînes de transmission », tempère Tulio de Oliveira, qui, en novembre 2018, après avoir travaillé sur le HIV, la tuberculose, le virus Zika ou le chikungunya, séquençait le virus de la fièvre jaune dans un bus transformé en laboratoire mobile à la lisière de la forêt brésilienne.

Souche européenne

Afin de reconstituer le parcours du SARS-CoV-2 au sein de l’hôpital, le trio d’enquêteurs a commencé par poser des questions et analyser les réponses. Ils ont passé au peigne fin les dossiers médicaux ainsi que les déplacements de tous les patients testés positifs. Le but : déterminer qui se trouvait au même endroit au même moment. En traquant les moindres détails, ils remarquent que l’octogénaire de la maison de retraite a été examinée par le même médecin que le patient de retour d’Europe. Ils découvrent également qu’elle présentait de la fièvre la vieille de sa sortie de l’hôpital, après son léger AVC. Une seule explication permet de faire tenir le puzzle ainsi reconstitué. L’épidémie au sein de l’hôpital possède une origine unique : le patient de retour d’Europe, dont les échantillons se sont révélés positifs.
C’est là qu’intervient la génétique. Comme les être humains, chaque exemplaire d’un virus possède son propre génome, qui évolue au fil des mutations. A ce jour, il existe ainsi plus d’une centaine de « lignées » du SARS-CoV-2. L’analyse de 18 échantillons prélevés à St Augustine révèle qu’ils sont extrêmement proches et appartiennent tous à la même lignée venue d’Europe. Les échantillons du premier patient, qui auraient pu confirmer l’origine de l’épidémie, sont introuvables, mais cinq autres prélèvements effectués à Durban, sans lien avec l’hôpital, appartiennent à d’autres souches, ce qui conforte l’hypothèse des chercheurs.

Devenue un outil de référence pour le comité scientifique sud-africain chargé de la pandémie, l’étude confirme la rapidité avec laquelle le SARS-CoV-2 peut se propager dans le milieu hospitalier. Elle montre également que la plupart des contaminations d’un patient à l’autre ne résultent pas de contacts directs. Les soignants ou des objets semblent avoir joué le rôle de vecteur dans la majorité des cas. Enfin, aucun soignant n’a été contaminé dans l’unité réservée au traitement des patients positifs au virus. « Le personnel médical se focalise souvent sur les équipements de protection, mais cela montre que ceux-ci ne sont qu’une partie de la solution », estime le docteur Lessells, qui insiste sur le respect des protocoles sanitaires. L’équipe a formulé une vingtaine de recommandations visant à les améliorer.
Depuis le début de la pandémie, Tulio de Oliveira et son équipe n’ont qu’une obsession : aider à la contrôler. Pour y parvenir, le professeur passe son temps à échanger avec le monde entier. Il en a l’habitude : tous les ans, son centre forme des chercheurs venus de tout le continent aux techniques d’analyse du génome. Certains confrères estiment qu’il perd un temps précieux, lui répond que « c’est ce qu’il faut faire ». En ce moment, Krisp aide des équipes au Malawi, au Mozambique, au Zimbabwe et au Botswana. Quand des réactifs manquent, il n’hésite pas à les envoyer à ses confrères. « Certains ne comprennent pas pourquoi on le fait gratuitement, mais nous sommes en pleine pandémie, que voulez-vous faire d’autre ? »

L’Afrique a besoin des sciences pour se développer... et la science des données africaines pour avancer. Qu’il s’agisse de la recherche d’un vaccin contre le Covid-19 ou de la lutte contre le réchauffement climatique, le continent multiplie les efforts pour s’inscrire dans la marche mondiale de la recherche. En une dizaine d’articles, de portraits et d’enquêtes, les correspondants du Monde Afrique racontent les dernières avancées scientifiques, de Casablanca au Cap.
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